Olá vinibankai,
Sobre suas dúvidas, irei responder cada uma, por partes:
1) Sim, a partir do momento que você conquista qualquer outra cidade, haverá a opção de escolher o Deus que desejar venerar, inclusive é possível sim construir um templo na cidade caso ela não tenha.
2) Agora já sobre sua segunda pergunta,
A partir do momento que você tem duas cidades e ambas, veneram o mesmo Deus, como exemplo Hera. Os templos irão funcionar da seguinte maneira:
>> A produção dos favores irá ser acumulada, se em uma cidade o templo está em nível 10 e produz 15 favores por hora, a outra cidade também com templo em nível 10 e produzindo igualmente os 15 favores por hora. A totalização da produção seria a soma dos favores de cada um, no caso de exemplo, 30 por hora.
>> Por fim, infelizmente, cada cidade não tem sua produção de favores separada, e sim, os favores que você utilizar em uma cidade com o mesmo Deus, também serão gastos na outra cidade que tenha o mesmo Deus como adorado.
Mas isto informado acima, somente é válido para caso você esteja venerando o mesmo Deus nas duas cidades. No entanto, se uma venerar Hera e em outra Zeus, a produção de favores de uma não irá afetar a outra.
Espero então, ter ajudado.
===============================================================================
EDIT: Ainda em tempo, após pesquisas, temos a seguinte página como fonte para os dados à seguir:
Wiki En - Templo.
Utilizaremos o seguinte exemplo:
Três cidades com os níveis de templo 18, 12 e 6. Sendo que duas destas, com estátua e para cada uma, acrescenta 5 pontos na conta. E por fim, a velocidade do mundo como sendo 1.
Cálculo:
Velocidade do Mundo x (Raiz quadrada de (Somatória dos Níveis dos Templos) + (5 pontos por estátua))
= 1 x (Raiz Quadrada de (18 + 12 + 6) + (5 + 5))
= 1 x (Raiz Quadrada (36) + (10))
= 1 x (Raiz Quadrada (46))
= 1 x 6,78
= 6,78