Bom, jogo há quase 2 anos e sei que fica negativo.
vejamos você já tem a fazenda nivel 40, termas bla bla.
Gastou toda a população, ou seja, tem zero de população disponível.
Ao demolir um nível da fazenda, você receberá positivamente o valor e população que representa a construção, mas como a fazenda não utiliza população esse valor é zero.
Agora vejamos. Ao construir cada nível da fazenda você ganha um valor de população. Nível 40 exemplificando lhe dá uns 150 (hipotese)
Ao destruir o nivel 40 você perde o direito ao valor de população que lhe era de direito. Perde os 150, mas se você já utilizou esse valor, ele se tornará negativo.
Se diz o contrário, que consegue ganhar população ao demolir a fazenda, gostaria de ver, afinal a fazenda não tem valor em população e não vai dobrar as suas tropas ao demolir e reconstruir a fazenda. Lembre-se, há um limite de população.
Se quiser eu colo aqui um printscreen de população negativa.